Quy định miễn thuế TNDN 03 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa

Nghị định có hiệu lực thi hành từ ngày ký (khoản 1 Điều 16 Nghị định). Riêng quy định về miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu có hiệu lực từ ngày Nghị quyết có hiệu lực thi hành và áp dụng kể từ kỳ tính thuế năm 2025 (khoản 2 Điều 16 Nghị định). Nghị quyết có hiệu lực thi hành từ ngày được Quốc hội thông qua, tức ngày 17/5/2025 (khoản 1 Điều 17 Nghị quyết). Trường hợp văn bản quy phạm pháp luật khác có quy định cơ chế, chính sách ưu đãi hoặc thuận lợi hơn Nghị quyết thì áp dụng theo quy định tại văn bản quy phạm pháp luật đó (khoản 2 Điều 17 Nghị quyết).

1. Căn cứ miễn thuế tại Nghị quyết

Nghị quyết quy định miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho doanh nghiệp nhỏ và vừa trong 03 năm kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu (khoản 4 Điều 10 Nghị quyết). Nghị định quy định chi tiết nội dung này tại khoản 3 Điều 7 Nghị định.

2. Thời gian miễn thuế

Doanh nghiệp nhỏ và vừa đăng ký kinh doanh lần đầu được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 03 năm kể từ khi được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu. Thời gian miễn thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu (điểm a khoản 3 Điều 7 Nghị định).

Trường hợp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp được cấp trước thời điểm Nghị quyết có hiệu lực thi hành mà còn thời gian áp dụng ưu đãi thì doanh nghiệp được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại (điểm a khoản 3 Điều 7 Nghị định).

3. Trường hợp không áp dụng

Ưu đãi miễn thuế nêu trên không áp dụng đối với:

a) Doanh nghiệp thành lập mới do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp;

b) Doanh nghiệp thành lập mới mà người đại diện theo pháp luật (trừ trường hợp người đại diện theo pháp luật không phải là thành viên góp vốn), thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất đã tham gia hoạt động kinh doanh với vai trò là người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất trong các doanh nghiệp đang hoạt động hoặc đã giải thể nhưng chưa được 12 tháng tính từ thời điểm giải thể doanh nghiệp cũ đến thời điểm thành lập doanh nghiệp mới;

c) Thu nhập quy định tại khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 (điểm b khoản 3 Điều 7 Nghị định).

Theo khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 ngày 14/6/2025, các khoản thu nhập không được áp dụng ưu đãi gồm: thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn, chuyển nhượng bất động sản (trừ thu nhập từ đầu tư xây dựng nhà ở xã hội theo quy định của Luật), chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản và thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh ở ngoài Việt Nam; thu nhập từ hoạt động tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí, tài nguyên quý hiếm khác và thu nhập từ hoạt động thăm dò, khai thác khoáng sản; thu nhập từ sản xuất, kinh doanh trò chơi điện tử trên mạng và thu nhập từ sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt (trừ một số dự án theo quy định của Luật); trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ (khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp). Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp có hiệu lực thi hành từ ngày 01/10/2025 và áp dụng từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2025 (khoản 1 Điều 19 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp).

4. Lựa chọn ưu đãi có lợi nhất

Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp nhỏ và vừa có khoản thu nhập vừa được hưởng miễn thuế theo quy định nêu trên vừa được hưởng miễn thuế, giảm thuế khác với quy định tại Nghị định thì được lựa chọn hưởng miễn thuế, giảm thuế có lợi nhất và thực hiện ổn định, không thay đổi trong thời gian miễn thuế, giảm thuế (khoản 4 Điều 7 Nghị định).

5. Kỳ tính thuế đầu tiên dưới 12 tháng

Trường hợp trong kỳ tính thuế đầu tiên, doanh nghiệp nhỏ và vừa có thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh được miễn thuế dưới 12 tháng thì được lựa chọn hưởng miễn thuế ngay từ kỳ tính thuế đầu tiên đó hoặc đăng ký với cơ quan thuế thời gian bắt đầu được miễn thuế từ kỳ tính thuế tiếp theo (khoản 5 Điều 7 Nghị định).

6. Tự xác định điều kiện và kê khai

Nghị định không quy định thủ tục riêng để hưởng miễn thuế. Theo Thông tư số 20/2026/TT-BTC ngày 12/3/2026 của Bộ Tài chính, thủ tục và hồ sơ được hưởng miễn thuế, giảm thuế thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế (khoản 1 Điều 4 Thông tư); doanh nghiệp tự xác định các điều kiện miễn thuế, giảm thuế, thời gian miễn thuế, giảm thuế để kê khai và quyết toán thuế với cơ quan thuế (khoản 2 Điều 4 Thông tư); trường hợp qua kiểm tra phát hiện doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện ưu đãi, cơ quan có thẩm quyền truy thu thuế, tính tiền chậm nộp và xử phạt theo quy định (khoản 3 Điều 4 Thông tư). Bộ Tài chính, khi trả lời người nộp thuế về miễn thuế theo khoản 3 Điều 7 Nghị định, đã dẫn chiếu Điều 4 Thông tư nêu trên.

7. Đánh giá tác động và lưu ý (nhận định của Luật 7S)

7.1. Doanh nghiệp nhỏ và vừa đã hoặc sẽ được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu

a) Do quy định miễn thuế áp dụng kể từ kỳ tính thuế năm 2025 và cho cả doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trước ngày 17/5/2025 mà còn thời gian ưu đãi, doanh nghiệp nên rà soát lại hồ sơ quyết toán thuế năm 2025 để xác định số thuế được miễn cho thời gian còn lại.

b) Thời gian 03 năm được tính liên tục từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu, không phụ thuộc vào năm phát sinh thu nhập chịu thuế; doanh nghiệp có kỳ tính thuế đầu tiên dưới 12 tháng nên cân nhắc quyền lựa chọn tại khoản 5 Điều 7 Nghị định trước khi kê khai.

c) Các khoản thu nhập thuộc khoản 3 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp, như thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng bất động sản, không được miễn thuế, do đó doanh nghiệp nên hạch toán tách bạch các khoản thu nhập này.

7.2. Nhà đầu tư, người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh, người có số vốn góp cao nhất

a) Người đang giữ vai trò người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh hoặc người có số vốn góp cao nhất tại một doanh nghiệp đang hoạt động, hoặc tại doanh nghiệp đã giải thể chưa đủ 12 tháng, khi thành lập doanh nghiệp mới với cùng vai trò có thể làm doanh nghiệp mới không đáp ứng điều kiện hưởng miễn thuế.

b) Doanh nghiệp thành lập do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình không thuộc diện được miễn thuế, nên phương án tái cấu trúc cần tính đến yếu tố này.

7.3. Khuyến nghị

a) Trước khi kê khai, doanh nghiệp nên lập hồ sơ nội bộ chứng minh điều kiện doanh nghiệp nhỏ và vừa, ngày cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu và lịch sử tham gia kinh doanh của người đại diện theo pháp luật, thành viên hợp danh, người có số vốn góp cao nhất, vì doanh nghiệp tự xác định điều kiện và có thể bị truy thu, xử phạt nếu không đáp ứng.

b) Doanh nghiệp đồng thời thuộc diện hưởng ưu đãi khác nên so sánh các phương án trước khi lựa chọn, vì lựa chọn phải thực hiện ổn định, không thay đổi trong thời gian miễn thuế, giảm thuế.

c) Đối với trường hợp chưa rõ, như doanh nghiệp thành lập từ hộ kinh doanh, doanh nghiệp nên đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp hướng dẫn bằng văn bản trước khi kê khai.

8. Phụ lục căn cứ pháp luật